黨的十一屆三中全會后，以鄧小平同志為主要代表的中國共產黨人，作出把黨和國家工作中心轉移到經濟建設上來、實行改革開放的歷史性決策。1979年4月，全國海關工作會議在北京召開，討論貫徹黨的十一屆三中全會精神，確定新時期海關工作方針。這一時期，海關工作改革創新、發展壯大，展現出勃勃生機。上海海關憑著一股逢山開路、遇水架橋的闖勁和滴水穿石的韌勁，成為全國海關改革創新的領跑者。
自1980年1月1日起，上海海關正式恢復對進出口貨物實行單獨征收關稅，恢復統計，并把監管貨物的合法進出作為監管工作的主要任務。從全國第一個保稅區，到全國首個自貿試驗區，再到臨港新片區和洋山特殊綜保區；從報關自動化到通關作業改革和“大通關”建設，再到全國海關通關一體化改革試點，上海海關乘著改革開放的春風，取得了一系列改革成果。
改革開放的四十多年，波瀾壯闊，洶涌澎湃；海關改革的四十多年，乘風破浪，直擊滄海。進入新發展階段，海關在黨的領導下，正在加快制度創新和治理能力建設步伐，以全面深化改革推動高水平對外開放，書寫更加輝煌的明天。
升起黃浦江畔第一面紅旗
1949年4月21日，“百萬雄師過大江”，人民解放軍解放南京。5月25日，上海蘇州河以南解放。當日凌晨4時30分，江海關大樓掛出了長30米巨幅標語“歡迎人民解放軍解放大上海”，江海關鐘樓上也升起了黃浦江畔第一面紅旗。
起草新中國第一部海關法
1950年5月，上海海關成立起草海關法的學術研討會。22日，發動職工討論海關法草案，編成意見書8冊。6月5日，完成起草。19日，上海海關領導攜海關法草案赴北京參加全國關務會議。
1951年4月18日，政務院公布《中華人民共和國暫行海關法》，5月1日起正式施行。同年5月16日，上海海關實施《中華人民共和國海關進出口稅則》和《中華人民共和國海關進出口稅則暫行實施條例》。
倡導和推動開展海港電訊檢疫
1930年，衛生署海港檢疫管理處和上海海港檢疫所成立，實現了“國人自主檢疫”。從1970年開始，船舶進口檢疫和人員受檢數每年以較大幅度增長，隨著空港檢疫任務的增加并抽去一部分人力后，海港人力更顯捉襟見肘。
當時，國際上已經普遍簡化入境檢疫查驗手續，傳統的進口檢疫逐步改革為電訊檢疫，即用電報電傳等現代通訊工具，對入出境船舶進行流行病學調查，辦理入出境檢疫手續。這種方法手續簡便、速度快、效率高、節約人力。上海檢疫所根據國際檢疫發展趨勢首先向衛生部提出改革傳統的登輪直面檢疫的建議，試點開展國際上先進的電訊檢疫，并于1978年9月27日擬就《關于開展船舶電訊檢疫的初步設想》，于1979年2月2日以《關于開展船舶電訊檢疫的建議報告》上報衛生部防疫司，又于同年2月24日以《為開展船舶電訊檢疫報請審核由》再次上報衛生部防疫司。1979年4月16日，衛生部、交通部聯合印發《關于國際航行船舶試行電訊衛生檢疫的通知》，同年6月1日，在上海港試行電訊衛生檢疫。
最先提出恢復海關單獨征稅建議
1978年1月5日，上海海關9位關員，聯名上書呈交中央領導，提出恢復海關單獨征稅的建議。1979年，上海海關開始籌置征稅機構，配備征稅人員，開展征稅業務培訓，做好恢復海關單獨征收進出口貨物關稅的準備工作。1980年，國務院作出關于改革海關管理體制的決定，關稅收入統一歸中央，關稅由海關單獨計征，與外貿利潤分開交庫。自1980年1月1日起，全國海關正式恢復對進出口貨物實行單獨計征關稅。
最先在海關工作中應用計算機和網絡技術
1982年，上海海關首先將微電子計算機應用于統計工作。1986年3月，上海海關在吳淞海關集裝箱進行報關自動化試點，該軟件包含預錄入、審單、征稅子系統。
1988年3月，海關總署決定集中開發報關自動化系統（H883），選取天津、九龍、廣州、上海4個海關為試點海關，該系統是中國海關第一套報關自動化系統。1990年5月2日，浦江海關最先啟動報關自動化系統。1993年底，上海海關實現報關自動化系統全關區上崗。
設立全國首個海關特殊監管區域
1990年6月，國務院批準設立上海外高橋保稅區，同年9月正式啟動，這是全國第一個，也是全國15個保稅區中經濟總量最大的保稅區。
率先實現“365天，天天能通關”
2003年10月1日，為進一步提高上海口岸通關效率，上海海關在浦江海關駐上海航運交易所集中報關點以及浦東國際機場海關公告實行“5+2天”工作制，開始提供每周7天的報關服務，在全國率先實現了“365天，天天能通關”。2007年末，上海海關在全國率先開展分類通關改革試點。
率先試點全國通關一體化
2016年6月1日，海關總署在上海成立風險防控中心和稅收征管中心，啟動全國通關一體化改革，打造改革“樣板間”。2017年7月1日，全國海關通關一體化改革實現全覆蓋，實現貿易便利化水平和海關監管效能的同步提升。2018年12月成立海關總署風險防控局（上海）、海關總署稅收征管局（上海）。全國海關通關速度和效能得到有效提升。2020年12月上海口岸進出口整體通關時間分別為51.81小時和1.86小時，較2017年壓縮50%以上，其中出口整體通關時間創歷史最好水平。
成立全國海關首個科創促進機構
2018年3月15日上海海關成立全國海關首個科創促進機構，為上海市科研院所、在滬央企研發中心、外資研發機構、國家實驗室提供海關集約化監管和“一站式”服務。2018年12月，上海海關以海關機構改革為契機，向海關總署報批設立上海科創中心海關，進一步配齊配強隊伍，打造上海科創中心建設服務保障“升級版”。
首創自貿區改革的海關樣板
2013年9月29日，第一個自由貿易試驗區——中國（上海）自由貿易試驗區正式成立。上海海關以“簡政集約、通關便利、安全高效”為重點，先后推出66項海關監管服務創新制度，建立了一套覆蓋通關各環節，便利、高效、安全的海關監管制度。其中33項在全國復制推廣，“先進區、后報關”“自行運輸”“三自一重”等改革成果廣受好評。2017年9月28日，首屆“自貿區制度創新十大經典樣本企業”在滬發布，七成經典樣本企業均為海關自貿區制度創新成果的“紅利獲得者”。2018年，國務院批復同意漕河涇、閔行出口加工區轉型成為綜合保稅區，這是上海市首批獲準轉型的特殊監管區域。2020年5月，洋山特殊綜合保稅區（一期）正式封關運作。此刻，承載著上海所有特殊監管區域夢想的洋山保稅港區再次升級，成為全國首個且唯一的特殊綜合保稅區。
時光荏苒、鐘聲悠長。滬關人堅持馬上就辦、真抓實干，鍥而不舍、一以貫之，深化“五關”建設，提升制度創新和治理能力建設水平，在社會主義現代化海關建設新征程中爭當排頭兵、先行者，以優異成績慶祝建黨100周年。
